Pemerintahan Obama meminta para pejabat tinggi untuk mengusulkan demokrasi dan transparansi politik bagi Mesir, sebuah pesan yang bernada hampa ketika militer Mesir melantik pemimpin baru bagi negara tersebut dan presiden yang digulingkan serta mulai mengumpulkan para pendukungnya.
Menteri Luar Negeri John Kerry, Menteri Pertahanan Chuck Hagel dan Penasihat Keamanan Nasional Susan Rice termasuk di antara mereka yang memberi pengarahan kepada Presiden Barack Obama pada hari Kamis mengenai seruan mereka kepada rekan-rekannya di Mesir, Israel, Turki dan mitra AS lainnya di kawasan.
Seruan tersebut menyampaikan “pentingnya pengembalian kewenangan penuh secara cepat dan bertanggung jawab kepada pemerintahan sipil yang dipilih secara demokratis sesegera mungkin,” kata Bernadette Meehan, juru bicara Dewan Keamanan Nasional Gedung Putih.
Para pejabat AS juga mendorong apa yang disebut Meehan sebagai “proses politik transparan yang mencakup semua partai dan kelompok” dan mendesak mereka yang bertanggung jawab di pemerintahan Mesir untuk menghindari penangkapan sewenang-wenang terhadap Presiden Mesir Mohammed Morsi dan para pendukungnya. Menghindari kekerasan oleh kelompok atau pihak mana pun juga merupakan bagian dari pesan mereka, katanya dalam pernyataan melalui email.
Di balik layar, AS memberi isyarat kepada Mesir dan sekutunya bahwa mereka menerima keputusan militer untuk menggulingkan Morsi, dan berharap siapa pun yang mengisi kekosongan kekuasaan akan lebih memihak kepentingan dan nilai-nilai AS daripada pemerintahan Islamis Morsi. Namun harapan tersebut diredam oleh kekhawatiran yang sangat nyata bahwa tentara baru yang semakin berani akan menindak Ikhwanul Muslimin, sehingga membuat masyarakat Mesir semakin kacau dan membuat rekonsiliasi semakin sulit.
Meskipun ada desakan Amerika, pihak berwenang Mesir menangkap dan menahan pemimpin Ikhwanul Muslimin, Pemimpin Umum Mohammed Badie, pada hari Kamis. Morsi, seorang anggota terkemuka Ikhwanul Muslimin, dan setidaknya selusin pembantu presiden telah ditempatkan di bawah tahanan rumah.
Tentara juga mengawasi pengambilan sumpah Adly Mansour, ketua Mahkamah Agung Konstitusi, sebagai presiden sementara Mesir. Ikhwanul Muslimin menyatakan mereka tidak akan bekerja sama dengan pemerintahan baru dan menyerukan gelombang protes.
Penggulingan Morsi juga mengancam reaksi terpecah di Kongres. Salah satu pandangan cenderung mendukung tindakan militer Mesir karena adanya kemitraan jangka panjang antara AS dan para pejabat militer Mesir serta adanya ancaman yang dirasakan oleh Morsi terhadap jenis demokrasi yang dicari rakyat Mesir selama revolusi tahun 2011. Namun, pandangan lain menyatakan bahwa undang-undang AS mengharuskan penghentian bantuan kepada suatu negara jika militer menggulingkan pemerintahan yang dipilih secara demokratis, bahkan di tengah janji kembalinya kekuasaan kepada rakyatnya.
Pada hari Rabu, Obama, meskipun ia tidak secara khusus menyebut penggulingan Morsi sebagai kudeta, mengatakan bahwa ia memerintahkan pemerintah untuk menentukan perkiraan perkembangan bantuan ke Kairo.
AS menganggap dana sebesar $1,5 miliar per tahun yang dikirimkannya ke Mesir sebagai prioritas keamanan nasional AS yang penting.
Pemerintahan AS menghadapi pilihan-pilihan sulit di tengah krisis yang sedang berlangsung. Jika mereka mengecam penggulingan Morsi, mereka bisa dituduh mendukung penguasa yang kehilangan dukungan publik. Namun, jika pemerintah mendukung tindakan militer, pemerintah dapat dituduh mengobarkan perbedaan pendapat atau kehilangan kredibilitas atas komitmennya terhadap proses demokrasi.
Pemerintah bertindak seolah-olah menerima apa yang terjadi di Mesir – dan benar-benar yakin bahwa keadaan akan menjadi lebih baik jika Morsi yang Islamis tidak lagi berkuasa. Pada saat yang sama, para pejabat berusaha menjaga jarak, memberikan penanda mengenai apa yang ingin mereka lihat dalam jangka panjang, dan menyerahkan hal tersebut kepada militer untuk memastikan hal tersebut terjadi.
Namun Gedung Putih mungkin juga khawatir bahwa situasi akan menjadi tidak terkendali dalam jangka pendek, karena militer menggunakan protes di jalanan sebagai alasan untuk menghadapi Ikhwanul Muslimin dengan kekuatan yang berlebihan. Dengan memasukkan bantuan Amerika ke dalam perundingan dengan Mesir tanpa menghentikannya, Amerika memberikan ruang untuk meningkatkan situasi jika diperlukan, namun juga bekerja sama dengan pemerintahan baru Mesir jika negara tersebut bergerak ke arah yang benar.
Setelah penggulingan Morsi pada hari Rabu, Obama mengatakan AS “tidak akan mendukung individu atau partai politik tertentu,” mengakui “keluhan yang sah dari rakyat Mesir,” dan juga mencatat bahwa Morsi memenangkan jabatan dalam pemilu yang sah.
“Kami percaya bahwa masa depan Mesir pada akhirnya hanya dapat ditentukan oleh rakyat Mesir,” kata Obama. “Meskipun demikian, kami sangat prihatin dengan keputusan angkatan bersenjata Mesir yang memecat Presiden Morsi dan menangguhkan konstitusi Mesir.”
Para pemimpin militer Mesir telah meyakinkan pemerintahan Obama bahwa mereka tidak tertarik pada pemerintahan jangka panjang setelah penggulingan Morsi. Ketua Kepala Staf Gabungan Angkatan Darat AS, Jenderal. Martin Dempsey, setelah penggulingan Morsi, mengatakan kepada CNN bahwa AS telah diyakinkan oleh militer Mesir bahwa warga AS akan dilindungi di sana. Namun, Departemen Luar Negeri AS tetap memerintahkan semua diplomat non-esensial AS dan keluarga seluruh staf kedutaan AS untuk meninggalkan Mesir.